La implementación del arreglo CRISPR 2.1 para la genotipificación mejora la identificación de Escherichia coli uropatógena en pacientes pediátricos colombianos

Resumen

Introducción. La aparición de resistencia a los antibióticos en Escherichia coli ha contribuido a la creciente incidencia y letalidad de infecciones del tracto urinario.
Objetivos. Caracterizar aislamientos de E. coli uropatógenos obtenidos de pacientes con infecciones del tracto urinario en varios hospitales de Bucaramanga, Colombia. Específicamente, se evaluó la relevancia del locus CRISPR 2.1 como elemento informativo para la genotipificación.
Material y métodos. Este estudio combinó la filotipificación basada en la clasificación de Clermont y los antibiogramas junto con la amplificación por PCR del arreglo CRIPSR 2.1. Resultados. La investigación indica que la variación en el arreglo CRISPR 2.1, junto con la presencia de genes de resistencia y virulencia, filogrupos y patrones de sensibilidad a los antibióticos, proporcionan datos significativos y confiables para estudios epidemiológicos. El análisis de 72 aislamientos reveló una resistencia significativa a la ampicilina y trimetoprima/sulfametoxazol, con tasas del 80% y 60% respectivamente. Además, los aislamientos demostraron la presencia de los genes blaCTX-M, blaTEM, y blaSHV en el 54,55%, 18,18% y 4,17% de los casos, respectivamente. Los grupos D y B2 comprendían el 65,2% de todos los aislamientos, según la clasificación de Clermont. El arreglo CRISPR 2.1 se encontró en la mayoría de los aislamientos, excepto en los del grupo B2, y exhibió polimorfismo de longitud.
Conclusiones. Los resultados enfatizan la utilidad del polimorfismo presentado por el arreglo CRISPR 2.1 en la subtipificación de las bacterias UPEC, ayudando de esta manera a mejorar la identificación bacteriana. Esto supone un avance notable en el establecimiento de sistemas regionales de vigilancia epidemiológica.