Reporte de un brote de infección por SARS-CoV-2 por transmisión aérea: evidencia epidemiológica y molecular
Resumen
Introducción. Se ha demostrado que la transmisión de SARS-CoV-2 se produce principalmente por vía aérea y el riesgo de infección es mayor en espacios cerrados con
alta concentración de personas; este último factor se presentó en algunos de los puestos de vacunación de la ciudad de Medellín.
Objetivo. Describir la epidemiología, virología y caracterización molecular de un brote de COVID-19 en un punto de vacunación cerrado durante la tercera ola de SARS-CoV-2 en Colombia.
Materiales y métodos. Se realizaron test diagnósticos, entrevistas, toma de muestras, aislamiento viral y secuenciación genómica. Con esta última, se hizo la caracterización molecular y se identificó el linaje.
Resultados. Siete trabajadores fueron positivos para SARS-CoV-2, y de estos, tres muestras fueron secuenciadas, más una muestra adicional perteneciente a la madre del
presunto caso índice. Todas las muestras fueron identificadas con el linaje B.1.625, con un máximo de dos nucleótidos de diferencia entre ellas.
Conclusiones. Se identificó la variante B.1.625 como la causante del brote de COVID-19, y también un compañero de trabajo fue identificado como el caso índice. De forma imprevista, asistir a una jornada de vacunación se convirtió en un factor de riesgo para adquirir la infección.
Descargas
Referencias bibliográficas
Ministerio de Salud y Protección Social. CORONAVIRUS (COVID-19). Accessed: November 19, 2021. Available at: https://www.minsalud.gov.co/salud/publica/PET/Paginas/Covid.aspx
Johns Hopkins Coronavirus Resource Center. COVID-19 Map. Accessed: November 19, 2021. Available at: https://coronavirus.jhu.edu/map.html
Laiton-Donato K, Franco-Muñoz C, Álvarez-Díaz DA, Ruiz-Moreno HA, Usme-Ciro JA, Prada DA, et al. Characterization of the emerging B.1.621 variant of interest of SARSCoV-2. Infect Genet Evol. 2021;95:105038. https://doi.org/10.1016/j.meegid.2021.105038
Instituto Nacional de Salud. COVID-19 en Colombia. Accessed: November 19, 2021. Available at: https://www.ins.gov.co/Noticias/Paginas/coronavirus-genoma.aspx
Morawska L, Tang JW, Bahnfleth W, Bluyssen PM, Boerstra A, Buonanno G, et al. How can airborne transmission of COVID-19 indoors be minimized? Environ Int. 2020;142:105832. https://doi.org/10.1016/j.envint.2020.105832
Wang CC, Prather KA, Sznitman J, Jiménez JL, Lakdawala SS, Tufekci Z, et al. Airborne transmission of respiratory viruses. Science. 2021;373:eabd9149. https://doi.org/10.1126/science.abd9149.
Centers for Disease Control and Prevention. Real-time RT-PCR primers and probes for COVID-19. Colombia. Accessed: November 19, 2021. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/rt-pcr-panel-primer-probes.html
Díaz FJ, Aguilar-Jiménez W, Flórez-Álvarez L, Valencia G, Laiton-Donato K, Franco-Muñoz C, et al. Isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the 2020 epidemic in Medellín, Colombia. Biomédica. 2020;40:S148-58. https://doi.org/10.7705/biomedica.5834
Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu DK, et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Eurosurveillance. 2020;25:2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.200004510
Farr B, Rajan D, Betteridge E, Shirley L, Quail M. COVID-19 ARTIC v4.1 Illumina library construction and sequencing protocol-tailed method V.2. 2022. Available from: https://www.protocols.io/view/covid-19-artic-v4-1-illumina-library-construction-j8nlk4b36g5r/v2
Bushnell B. BBMap: A fast, accurate, splice-aware aligner. Accessed: November 19, 2021. Available at: https://www.osti.gov/biblio/1241166
Rambaut A, Holmes EC, O’Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, et al. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol. 2020;5:1403-7. https://doi.org/10.1038/s41564-020-0770-5
Tamura K, Stecher G, Kumar S. MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis, version 11. Mol Biol Evol. 2021;38:3022-7. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120
Trifinopoulos J, Nguyen LT, von Haeseler A, Minh BQ. W-IQ-TREE: A fast online phylogenetic tool for maximum likelihood analysis. Nucleic Acids Res. 2016;44:W232-5. https://doi.org/10.1093/nar/gkw256
Letunic I, Bork P. Interactive tree of life (iTOL) v5: An online tool for phylogenetic tree display and annotation. Nucleic Acids Res. 2021;49:W293-6. https://doi.org/10.1093/nar/gkab301
Hadfield J, Megill C, Bell SM, Huddleston J, Potter B, Callender C, et al. NextStrain: Realtime tracking of pathogen evolution. Bioinformatics. 2018;34:4121-3. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty407
Lednicky JA, Lauzardo M, Alam MM, Elbadry MA, Stephenson CJ, Gibson JC, et al. Isolation of SARS-CoV-2 from the air in a car driven by a COVID patient with mild illness. Int J Infect Dis. 2021;108:212-6. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2021.04.063
Liu Y, Ning Z, Chen Y, Guo M, Liu Y, Gali NK, et al. Aerodynamic analysis of SARS-CoV-2 in two Wuhan hospitals. Nature. 2020;582:557-60. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2271-3
Guo ZD, Wang ZY, Zhang SF, Li X, Li L, Li C, et al. Aerosol and surface distribution of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in Hospital Wards, Wuhan, China, 2020. Emerg Infect Dis. 2020;26:1583-91. https://doi.org/10.3201/eid2607.200885
Chia PY, Coleman KK, Tan YK, Ong SW, Gum M, Lau SK, et al. Detection of air and surface contamination by SARS-CoV-2 in hospital rooms of infected patients. Nat Commun. 2020;11:2800. https://doi.org/10.1038/s41467-020-16670-2
Smither SJ, Eastaugh LS, Findlay JS, Lever MS. Experimental aerosol survival of SARSCoV-2 in artificial saliva and tissue culture media at medium and high humidity. Emerg Microbes Infect. 2020;9:1415-7. https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1777906
World Health Organization. Coronavirus disease (COVID-19): How is it transmitted? Accessed: November 19, 2021. Available at: https://www.who.int/news-room/questions-andanswers/item/coronavirus-disease-covid-19-how-is-it-transmitted
Centers for Disease Control and Prevention. SARS-CoV-2 transmission. Accessed: November 19, 2021. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/sars-cov-2-transmission.html
Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM). Características climatológicas de ciudades principales y municipios turísticos. Accessed: November 19, 2021. Available at: http://www.ideam.gov.co/documents/21021/418894/Caracter%C3%ADsticas+de+Ciudades+Principales+y+Municipios+Tur%C3%ADsticos.pdf/c3ca90c8-1072-434aa235-91baee8c73fc
Oh C, Sashittal P, Zhou A, Wang L, El-Kebir M, Nguyen TH. Design of SARS-CoV-2 variant-specific pcr assays considering regional and temporal characteristics. Appl Environ Microbiol. 2022;88:e0228921. https://doi.org/10.1128/aem.02289-21
Harvey WT, Carabelli AM, Jackson B, Gupta RK, Thomson EC, Harrison EM, et al. SARSCoV-2 variants, spike mutations and immune escape. Nat Rev Microbiol. 2021;19:409-24. https://doi.org/10.1038/s41579-021-00573-0
Jangra S, Ye C, Rathnasinghe R, Stadlbauer D, Krammer F, Simon V, et al. SARS-CoV-2 spike E484K mutation reduces antibody neutralisation. Lancet Microbe. 2021;2:e283-4. https://doi.org/10.1016/S2666-5247(21)00068-9
Kullappan M, Mary U, Ambrose JM, Veeraraghavan VP, Surapaneni KM. Elucidating the role of N440K mutation in SARS-CoV-2 spike – ACE-2 binding affinity and COVID-19 severity by virtual screening, molecular docking and dynamics approach. J Biomol Struct Dyn. 2023;41:912-29. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.2014973
Algunos artículos similares:
- Elizabeth Borrero, Gabriel Carrasquilla, Neal Alexander, Descentralización y reforma: ¿cuál es su impacto sobre la incidencia de malaria en los municipios colombianos? , Biomédica: Vol. 32 (2012): Suplemento 1, Malaria
- Raúl Murillo, Ricardo Cendales, Carolina Wiesner, Marion Piñeros, Sandra Tovar, Efectividad de la citología cérvico-uterina para la detección temprana de cáncer de cuello uterino en el marco del sistema de salud de Colombia , Biomédica: Vol. 29 Núm. 3 (2009)
- Sandra Lorena Girón, Julio César Mateus, Fabián Méndez, Impacto de un botadero a cielo abierto en el desarrollo de síntomas respiratorios y en costos familiares de atención en salud de niños entre 1 y 5 años en Cali, Colombia , Biomédica: Vol. 29 Núm. 3 (2009)
- José Joaquín Carvajal, Ligia Inés Moncada, Mauricio Humberto Rodríguez, Ligia del Pilar Pérez, Víctor Alberto Olano, Caracterización preliminar de los sitios de cría de Aedes (Stegomyia) albopictus (Skuse, 1894) (Diptera: Culicidae) en el municipio de Leticia, Amazonas, Colombia , Biomédica: Vol. 29 Núm. 3 (2009)
- Andrés Páez, Gloria Rey, Carlos Agudelo, Alvaro Dulce, Edgar Parra, Hernando Díaz-Granados, Damaris Heredia, Luis Polo, Brote de rabia urbana transmitida por perros en el distrito de Santa Marta, Colombia, 2006-2008 , Biomédica: Vol. 29 Núm. 3 (2009)
- Patricia Escobar, Katherine Paola Luna, Indira Paola Hernández, César Mauricio Rueda, María Magdalena Zorro, Simon L. Croft, Susceptibilidad in vitro a hexadecilfosfocolina (miltefosina), nifurtimox y benznidazole de cepas de Trypanosoma cruzi aisladas en Santander, Colombia , Biomédica: Vol. 29 Núm. 3 (2009)
- Gustavo Pradilla, Julio César Mantilla, Reynaldo Badillo, Encefalitis rábica humana por mordedura de murciélago en un área urbana de Colombia , Biomédica: Vol. 29 Núm. 2 (2009)
- Mauricio Beltrán, María Cristina Navas, María Patricia Arbeláez, Jorge Donado, Sergio Jaramillo, Fernando De la Hoz, Cecilia Estrada, Lucía del Pilar Cortés, Amalia de Maldonado, Gloria Rey, Seroprevalencia de infección por virus de la hepatitis B y por virus de la inmunodeficiencia humana en una población de pacientes con múltiples transfusiones en cuatro hospitales, Colombia, Sur América , Biomédica: Vol. 29 Núm. 2 (2009)
- Rosa Magdalena Uscátegui, Adriana M. Correa, Jaime Carmona-Fonseca, Cambios en las concentraciones de retinol, hemoglobina y ferritina en niños palúdicos colombianos , Biomédica: Vol. 29 Núm. 2 (2009)
- Claudia M.E. Romero-Vivas, Luis Eduardo Castro, Lila Visbal, Ana María Santos, Esther Díaz, Miasis cutánea por Cochliomyia hominivorax (Coquerel) (Díptera: Calliphoridae) en el Hospital Universidad del Norte, Soledad, Atlántico , Biomédica: Vol. 29 Núm. 1 (2009)

Derechos de autor 2023 Biomédica

Esta obra está bajo una licencia internacional Creative Commons Atribución 4.0.
Estadísticas de artículo | |
---|---|
Vistas de resúmenes | |
Vistas de PDF | |
Descargas de PDF | |
Vistas de HTML | |
Otras vistas |