Caracterización de genomas recombinantes de la variante ómicron de SARS-CoV-2 entre 2022 y 2023 en el departamento de Antioquia, Colombia

Resumen

Introducción. La recombinación es un mecanismo que evita la acumulación de mutaciones nocivas. Para que se dé entre diferentes sublinajes de un mismo virus, se requiere co-circulación y coinfección en el mismo huésped. A través de NGS se ha podido caracterizar linajes recombinantes de la variante Ómicron.
Objetivo. Describir como la recombinación viral en linajes de Ómicron le ha conferido características importantes para su prevalencia sobre otros linajes.
Materiales y métodos. Se caracterizaron 338 genomas de linajes recombinantes de muestras positivas de SARS-CoV-2 analizadas por el Laboratorio departamental de Salud Pública de Antioquia, entre el 9 de noviembre de 2022 al 5 de noviembre de 2023. Los genomas fueron obtenidos mediante la tecnología de secuenciación de Oxford Nanopore. A través de análisis filogenéticos se identificaron diferentes sublinajes recombinantes de Ómicron y predictores permitieron la identificación de regiones en el genoma de SARS-CoV-2 que fueron producto de eventos de recombinación.
Resultados. Se identificaron 26 linajes recombinantes de Ómicron en los que se encontraron cambios de aminoácidos de gran importancia involucrados en evasión de la respuesta inmune, infectividad y replicación viral. También se identificó la mutación F456L presente en el 55% de los genomas de XBB.1.5.72 y que sirve como biomarcador de reconocimiento de este sublinaje. Los análisis con predictores permitieron la identificación de los potenciales parentales de algunos genomas recombinantes como XBB.1.5 y XBB.1.5.77.
Conclusión. La circulación de recombinantes sublinajes de Ómicron muestran cambios importantes que impactan la biología de los mismos y han alterado factores de infección y virulencia.